Mideyi görüntülemek veya mideden parça almak için yaptırılan endoskopide, ağız yoluyla mideye tıbbî bir cihaz sarkıtılmakta ve işlem bittikten sonra çıkarılmaktadır. Kolonlardaki hastalığı teşhis etmek amacıyla, bağırsak içini görüntülemek veya parça almak için yapılan kolonoskopide, makattan bağırsaklara cihaz gönderilmekte ve işlem bittikten sonra çıkarılmaktadır.
Kolonoskopide, hemen daima, endoskopide de genellikle, incelenecek alanın temizliğini sağlamak amacıyla cihaz içinden su verilmektedir. Endoskopi veya kolonoskopi yaptırmak; makat veya ferçten ultrason çektirmek; yeme, içme anlamına gelmemekle birlikte, çoğunlukla cihaz içinden su verildiği için oruç bozulur.